Dilahirkan di Medellín, wilayah Extremadura, Sepanyol, Cortés adalah anak tunggal kepada Martín Cortés dan Catalina Pizarro Altamirano. Salah seorang saudaranya, Francisco Pizarro, adalah penakluk empayar Inka (sekarang dikenali sebagai Peru).

Cortés melanjutkan pelajarannya di Salamanca tetapi mengecewakan keluarganya kerana enggan melanjutkan pelajarannya dalam bidang undang-undang seperti datuknya. Beliau sebenarnya mempunyai minat yang lain, iaitu sama ada berperang di Itali atau mencuba nasibnya di Dunia Baru.